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第一次妖神大战后，盘古的灵魂化作十二，精魄化作十二祖巫（十二只凶兽），身体化作了山川河流。一代妖皇东皇太一为复活师兄盘古，化身为长生，带着十二踏上寻找十二祖巫的漫长之旅。长生逐渐对十二的感情后，为了救长生，十二在女娲的帮助下，用自己的血为长生筑了“泥人”的身躯，长生也因此和十二有了新的开始。。枪神记讲述了基因锁作为一项神秘降临的超时代科技，它能促使人体机能在速度、力量、感官等得到空前强化。成功打开基因锁的人成为新时代的“特工”，而特工中的佼佼者们被称为——“枪神”。围绕基因锁这一新型军备，各势力激烈斗争，纷纷成立学院培育特工。随着实验的突破与应用，同时来自神秘种族的胁迫，更让世界逐步陷入战争的泥沼...战乱结束之后，神秘种族消逝殆尽，特工、枪神更成为无从证实的都市传说，仅剩的两大特工组织“深海”与“荒蛇”分别将基地迁移至海底和地下，互不相扰。然而一派和平景象下，实则危机四伏。。